Theoretical Sociology

太郎丸博のブログです。研究ノートや雑感などを掲載しています。(このページは太郎丸が自主的に運営しています。京都大学の公式ページではありません。)
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Rスクリプト覚書き:vglm関数で平行性の仮定を置かずに順序ロジット
先日の数理社会学会で平行性の仮定を置かない順序ロジットについて阪大の院生の人たちが報告していたので、R でできないのか気になっていたのだが、vglm 関数を使えばそんなに難しくないことが分かったので、スクリプトをメモしておきます。
library(VGAM)
head(ugss) # 学部生のライフスタイル調査 
?ugss

# 目的変数の準備:ピアスの穴の数(なし、1〜2個、3個以上の3カテゴリの順序変数を作る)
pierce <- rep("None", nrow(ugss))
pierce[ugss$piercings==1 | ugss$piercings==2] <- "One or Two"
pierce[ugss$piercings > 2] <- "Three or More"
pierce <- factor(pierce)
xtabs(~pierce)

# 平行性を仮定しない
vglm1 <- vglm(pierce ~ sex + status, data=ugss, family=cumulative(reverse=T))
summary(vglm1)

# 平行性を仮定する
vglm2 <- vglm(pierce ~ sex + status, data=ugss, family=cumulative(reverse=T, parallel=T))
summary(vglm2)

# sex については平行性を仮定するが、status については平行性を仮定しない
vglm3 <- vglm(pierce ~ sex + status, data=ugss, family=cumulative(reverse=T, parallel=F~status))
summary(vglm3)

#モデルの比較(推定パラメータ数の昇順でモデルの順番を並べ替えてある)
dev1 <- c(deviance(vglm2), deviance(vglm3), deviance(vglm1)) # 逸脱度
df1 <- c(vglm2@df.residual, vglm3@df.residual, vglm1@df.residual) # 残差の自由度
np1 <- 1608 - df1 # 推定パラメータ数
rbind(dev1, df1, np1)

# AICの計算
dev1 + 2 * np1

# 上記3モデルの比較:尤度比検定の有意確率の計算
1 - pchisq(dev1[1] - dev1[2], df1[1] - df1[2]) 
1 - pchisq(dev1[1] - dev1[3], df1[1] - df1[3])
1 - pchisq(dev1[2] - dev1[3], df1[2] - df1[3])

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コメント
from: ほっくー   2012/08/05 8:45 AM
格付モデルの推定にあたり、平行性の仮定の検証のため、参考にさせていただきました。しかし、
# 平行性を仮定しない
vglm1 <- vglm(rating1~.,data=rate,family=cumulative(link="logit",reverse=T,parallel=F))
を実行すると、
警告メッセージ:
1: In Deviance.categorical.data.vgam(mu = mu, y = y, w = w, residuals = residuals, :
fitted values close to 0 or 1
2: In Deviance.categorical.data.vgam(mu = mu, y = y, w = w, residuals = residuals, :
fitted values close to 0 or 1
3: In log(prob) : 計算結果が NaN になりました
という警告メッセージが出てしまいます。
メッセージの内容はわかるのですが、何が原因なのでしょうか?
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